Наруто и его спутники прибывают на остров в стране Молний. Перед островом на них нападает гигантский кальмар, но корабль спасает Киллер Би. Позже они заселяются в дом на самом острове. Наруто спешит начать тренировки, но Киллер Би отказывает ему в этом, заявляя, что приплыл на остров по поручению брата только для отдыха. Наруто просит хозяина дома — Мотои, отвести его к тому месту, где тренировался дзинтюрики Восьмихвостого. Это место называется Водопад истины. Сконцентрировавшись, Наруто заглядывает внутрь себя и встречает свою темную сторону, которая сообщает о своей близости по духу с Девятихвостым. Наруто вступает с темной стороной в бой, но понимает, что её невозможно одолеть, так как она использует абсолютно те же приемы. Мотои сообщает, чтобы подчинить Девятихвостого, нужно одолеть тёмную сторону. 

Наруто находит общий язык с Би, и тот соглашается его тренировать и научить контролировать силу Девятихвостого. Вновь подойдя к Водопаду Правды, Наруто побеждает свою тёмную сторону и переходит к следующей тренировке. Пройдя сквозь Водопад, Наруто, Би и Ямато попадают в Зал Очищения, где Наруто, находясь в трансе, попадает в глубину своего сознания и сталкивается с Девятихвостым. Наруто разрушает печать, сдерживающую Девятихвостого, и начинает с ним сражение. 

Наруто полностью подчиняет себе Девятихвостого. Он пробует использовать его чакру в Режиме Лиса и замечает, что, помимо Ямато и Киллер-Би, в комнате присутствует ещё один синоби. Кисамэ, до этого прятавшийся в Самехаде, выходит наружу и старается сбежать, открыв дверь Зала Очищения. Тем временем Майто Гай начинает тренировку перед водопадом. Он просит показаться свою внутренную сущность, а из водопада выскакивает Кисамэ. Гай успевает атаковать его и задержать, но Кисамэ удается уйти и здесь. Киллер-Би помогает Гаю догнать Кисамэ и начинается схватка, в которой победу одерживает Гай. 

Тоби отправляется в страну Дождя, чтобы забрать риннэган. Конан вспоминает прошлое: Нагато, Яхико, Дзирайю. Тоби довольно быстро находит ее, но Конан отказывается добровольно возвращать риннэган, мотивируя свой поступок верой в Наруто, которому доверился Нагато. Тоби рассказывает, благодаря кому возникла организация Акацуки, и что именно он — Тоби, — дал риннеган Нагато. Конан не верит его словам и уводит Тоби за город на огромное озеро, где начинает бой с разрушительной атаки. Конан надеялась взорвать себя вместе с Тоби, но последний успевает поглотить большую часть взрыва, при этом лишившись руки и части маски. Тогда Конан создает огромную падь посреди озера, куда стекает вода, превращаясь во взрывные печати. Тоби падает вниз. 

Дэйдара и Кабуто продолжают сражение с Оононки, Акацути и Куроцути. В ходе битвы Куроцути удаётся загнать Кабуто в ловушку. Ямато, Аоба и Мотои приходят к ним на подмогу. Аоба уже готов извлечь информацию с захваченого Кабуто, но тот застаёт его в расплох, покинув старое тело. В виде змей Кабуто захватывает Ямато в плен и отправив Дэйдару обратно в загробный мир, покидает остров. Вернувшись в логово, Кабуто объясняет Тоби, что хочет использовать ДНК Ямато для усиления армии Дзэцу. 

243 Высадка! Райский остров?

244 Киллер Би и Мотои

245 Ещё одно испытание! Наруто против Девятихвостого!

246 Оранжевая вспышка

247 Цель: Девятихвостый

248-249 Смертельная схватка Четвертого Хокаге!/«Спасибо»

250 Монстр против незнакомца! Битва в раю!

251 Известный как Кисамэ

252 Ангел Смерти

253 Мост к Миру

254 Сверхсекретная Миссия S Ранга

255 Возвращение художника!

256 Сбор! Союзные войска Шиноби!

257 Четырехнедельный специальный проект для десятой годовщины аниме: "Встреча"

258 Четырехнедельный специальный проект для десятой годовщины аниме: "Соперники"

259 Четырехнедельный специальный проект для десятой годовщины аниме: "Трещины"

260 Четырехнедельный специальный проект для десятой годовщины аниме: "Раскол"