Команды Гая и Какаси прибывают в Коноху. Ослабленный использованием мангэкё сярингана Какаси отправляется в больницу. Сакура сообщает Цунадэ о поведанном ей Сасори будущем расположении шпиона Оротимару. Наруто занят поиском новых членов команды из-за отсутствия Саскэ и выбывшего на некоторое время из строя Какаси, и впервые со времени своего возвращения встречает Сино, Кибу, сильно выросшего Акамару и Хинату. На Наруто нападает ниндзя, владеющий Техникой Рисованных Зверей.

Старейшины Конохи выступают против участия Наруто в крупных миссиях и даже хотят чтобы он никогда не покидал деревню; они, тем самым, пытаются оградить юношу от Акацуки. Цунадэ формирует новую команду: Наруто, Сакура, член АНБУ, Ямато, временно исполняющий обязанности Какаси, и ранее напавший на Наруто ниндзя, Сай, назначенный в команду Дандзо, руководителем запрещённой организации «Корень АНБУ».

Ямато преображается в Сасори в виде его куклы Хируко; Наруто, Сакура и Сай ожидают в засаде. Шпионом Сасори оказывается Кабуто. Но, как выясняется, когда-то завербованный Акацуки он был перевербован и уже давно по собственной воле служит также появившемуся Оротимару.

Сакура вспоминает о том, как Наруто обещал во что бы то ни стало вернуть Саскэ и хочет остановить его, чтобы тот полностью не превратился в Лиса, однако Наруто-Лис ранит её. Кабуто неожиданно оказывает помощь Сакуре, после чего временно отступает, в то время как Ямато блокирует следующее нападение Наруто-Лиса и начинает наложение новой печати для подавления силы Лиса. К оставшемуся в лесу Оротимару подходит Сай и говорит, что у него есть послание от Дандзо, главы Корня АНБУ.  

33 Новая цель!

34 Новая команда Какаши сформирована!

35 Нежелательное пополнение

36 Ложная улыбка

37 Неназванный

38 Моделирование

39 Мост Тэнти

40 Высвобождение Девятихвостого!!

41 Начало сверхсекретной миссии

42 Орочимару против джинчюрики

43 Слёзы Сакуры

44 Правда о борьбе

45 Последствия предательства

46 Незавершённая страница

47 Проникновение! Логово ядовитого змея!

48 Связи

49 Нечто важное

50 История рисованной книги

51-52 Воссоединение/Сила Учихи

53 Заглавие