Учёные находят в джунглях ДНК Мью, редчайшего из всех покемонов, и в лаборатории на острове создают Мьюту, генетически модифицированного клона Мью. Мьюту, не в силах смириться с тем, что у него нет цели и что он лишь эксперимент, уничтожает лабораторию и убивает всех учёных. Джиованни, босс Команды R, прибывает на вертолёте на остров и предлагает Мьюту стать его партнёром, в обмен Джиованни обещает научить Мьюту контролировать свои силы, на что он соглашается. Следующие несколько месяцев Джиованни, будучи лидером стадиона в городе Виридиане, использует Мьюту в битвах против тренеров. Когда Мьюту понимает, что Джиованни на самом деле не воспринимает его, как партнёра, он уничтожает базу Команды R и возвращается к разрушенной лаборатории. Там Мьюту замышляет план мести против человечества и задаётся вопросом: в чём смысл его существования?

Тем временем Эш, Мисти и Брок получают приглашение на битву с «величайшим Мастером покемонов» на Новом острове. Эш с друзьями с радостью соглашаются и идут в порт, чтобы отправиться на корабле на Новый остров, но тут внезапно начинается сильный шторм и все рейсы отменяются. Эш слышит древнюю легенду о потопе, который погубил всех, кроме нескольких покемонов. Те оплакивали погибших и тем самым вернули их к жизни, но в нынешнее время слёзы покемонов не обладают такой силой.