Во вступлении, которое, относительно настоящих событий, переносит зрителя в будущее, появляется Саскэ в пристанище Оротимару вместе с Командой Какаси: Наруто, Сакурой и их новым членом команды — Саем. Наруто говорит с Саскэ о прошлом, о Долине Завершения, и понимает, что лучший друг уже не тот. Более того, Саскэ демонстрирует Удзумаки свои способности, заглянув во внутренний мир Наруто и увидев там Девятихвостого Лиса. Реальная же история сериала начинается с возвращения Наруто и Дзирайи в Коноху. Зрителям вновь представляют некоторых персонажей аниме, таких как Сакура, Конохамару, Сикамару, Тэмари и Какаси.

 Члены Акацуки Дэйдара и Сасори начинают атаку на Деревню Песка с целью похитить Кадзэкагэ Гаару. Дэйдара атакует с воздуха, используя созданных им взрывающихся глиняных животных.

Команда Какаси и Тиё отправляются в выслеженное собаками логово Акацуки. По дороге Тиё рассказывает о существовании девяти бидзю — легендарных хвостатых существ (к примеру, Девятихвостый бидзю в Наруто, Однохвостый бидзю в Гааре). Паккун (пёс Какаси) предупреждает Команду Гая; они также направляются к логову Акацуки, но на них нападает Кисамэ, член организации. На пути Команды Какаси встаёт Итати Утиха. 

Вернувшийся в Деревню Песка отряд Тэмари и Канкуро направляются к Логову Акацуки. Сакура и Тиё видят истинное лицо Сасори — оно ничуть не изменилось за 20 лет, что очень их удивляет. Сасори вызывает куклу, сделанную из Третьего Кадзэкагэ, чьё исчезновение до этого момента оставалось загадкой для всей Деревни Песка. 

1-2  Возвращение домой/Акацуки начинают действовать

 3 Результаты тренировки

4 Джинчюрики Песка

5 Как Казэкаге...!

6-7 Миссия завершена!/Беги, Канкуро!

8 Вмешательство команды Какаши

9 Слёзы Джинчюрики

10 Техника печати: Печать Девяти Драконов

11 Ученица ниндзя-медика

12 Решительность Чио

13 Судьбоносная встреча

14 Зрелость Наруто

15 Скрытое оружие называется...

16 Секрет джинчюрики

17 Смерть Гаары!

18 Вторжение! Ловушка позади входа

19 Ловушка сработала! Противники команды Гая

20 Хируко против двух куноичи

21 Истинное лицо Сасори

22 Секретные способности Чио

23 Отец и Мать

24 Третий Казэкаге

25 Три минуты между жизнью и смертью

26 Десять кукол против сотни

27 Несбывшаяся мечта

28 Возрождённые звери

29-30 Прозрение Какаши!/Красота мгновения

31 Следующее поколение

32 Возвращение Казэкаге