Эдвард и Альфонс Элрики — братья, живущие в деревне Ризенбург в стране Аместрис. Их отец, Хоэнхайм, ушёл из дома, когда Эдвард и Альфонс были ещё совсем детьми. Спустя годы, их мать, Триша Элрик, умирает от неизлечимой болезни. После смерти матери Эдвард решает вернуть её с помощью алхимии — передовой науки, суть которой заключается в том, что один объект может быть преобразован во что-то совершенно другое, но в точности равноценное первоначальному предмету. Для этого они изучают записи отца, посвящённые «Человеческому преобразованию», запретному искусству, с помощью которого теоретически можно даже возродить умершего человека.

Эдвард решает стать Государственным Алхимиком , то есть алхимиком, который работает на Армию Аместриса. Государственных Алхимиков отличают по их серебряным карманным часам и уникальным званиям, присваиваемым после вступления в должность. Это звание позволяет Эдварду использовать обширные ресурсы, чтобы найти способ вернуть потерянное братьями, но также превращает его в «живое оружие» армии («цепного пса» армии). Очень многие люди, которые встречаются братьям в пути, недружелюбно относятся к ним именно из-за звания, которое носит Эдвард. Люди ненавидят армию, а особенно Государственных Алхимиков, так как они виновны в уничтожении почти всего населения Ишвара в последней Гражданской войне.

1 Бросившие вызов солнцу

2 Запретное тело

3 Мама

4 Порождения любви

5 Скорость и автоброня

6 Экзамен на алхимика

7 Ночной плач химеры

8 Философский камень

9 Серебряные часы армейского пса

10 Загадочный вор Сирена

11 Долина щебня. Часть I

12 Долина щебня. Часть II

13 Огонь против стали

14 Правая рука разрушения

15 Резня в Ишваре

16 Потерянное

17 Дом, где ждёт семья

18 Записи Марко

19 За истиной скрыта истина

20 Душа стража

21 Алый блеск

22 Искусственные люди

23 Стальное сердце

24 Прикрепление воспоминаний

25 Прощальная церемония

26 Её причины

27 Учитель

28 Все это одно, а одно это все

29 Невинное дитя

30 Штурм южной штаб-квартиры

31 Грех

32 Данте из чащи

33 Ал в плену

34 Теория алчности

35 Встреча падших

36 Грешник внутри меня

37 Ведущий постоянную борьбу лейтенант. Загадка тринадцатого склада

38 Вниз по течению реки

39 Секрет Ишвара

40 Шрам

41 Святая мать

42 Не зная его имени

43 Бродячий пес в бегах

44 Светлый Хоэнхайм

45 Человек с гниющим сердцем

46 Человеческая трансмутация

47 Запечатывание гомункулов

48 Прощание

49 По ту сторону Врат

50 Смерть

51 Мюнхен 1921